Fu realizzata nel 398 d.C. su un gruppo di abitazioni del II secolo d.C. di cui sono presenti e visitabili gli scavi archeologici. La basilica è dedicata a due ufficiali romani martiri, che qui risiedevano e furono sepolti, omonimi dei due Apostoli Giovanni e Paolo. È stata più volte restaurata e modificata, fino agli interventi eseguiti nel XVIII e a metà del XX secolo. Sulla parte inferiore della facciata, delineato da otto colonne antiche si apre un portico del XII secolo, che custodisce anche due colonne della basilica paleocristiana. I due leoni che affiancano il portale cosmatesco e l'aquila che lo sovrasta simboleggiano la chiesa militante. Sul portico una galleria è stata aggiunta nel 1216. La parte superiore, arretrata, è caratterizzata da una polifora ad arcatelle su piccole colonne di spoglio. Il campanile fu costruito in due tempi: i primi due piani a metà del XII secolo e gli altri cinque nella seconda metà del XIII. La cupola fu eretta nel 1587 su progetto di Filippo Marinucci.
La chiesa, in cui resta ben poco della basilica paleocristiana e dall'interno settecentesco è divisa in tre navate delimitate da sedici colonne del IV secolo affiancate da pilastri. Originale il soffitto cinquecentesco e gran parte del pavimento cosmatesco del XIII secolo. L'abside fu decorata da Francesco Ferrari nel 1728, mentre il catino absidale, affrescato nel XVI è opera di Circignani detto il Pomarancio. Il presbiterio affrescato da Piastrini, Triga e Barbieri mostra tre scene della vita e del martirio dei Santi Giovanni e Paolo. Presso l'altare maggiore sono custoditi i corpi dei due Santi, mentre San Paolo della Croce fondatore dell’ordine dei Passionisti riposa nell'omonima cappella. Nella chiesa sono custodite opere di artisti noti come Antoniazzo Romano e tele di Milani, Torelli, Benefial. Una piccola scala conduce alle case romane dove si possono ancora ammirare affreschi e mosaici del III e del IV secolo. I lampadari presenti nella chiesa, che vengono accesi in occasione di matrimoni e dal forte effetto suggestivo, sembrerebbero essere una donazione fatta negli anni cinquanta e provenire dal Waldorf Hotel di New York.
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